Aufgrund der Vielfalt und des Reichtums der Arten befinden sich die aus ökologischer Sicht interessantesten Gebiete auf den kleinen Felsvorsprüngen im Kanal zwischen Tavolara und Molara in einer Tiefe von mehr als 25 m. Der korallenartige Lebensraum von Tavolara ist gekennzeichnet durch Gorgonien (Paramuricea clavata und Eunicella verrucosa), große Schwämme (Axinella polipoides, Spongia agaricina) und „schwarze Korallen“ (Gerardia savaglia), ein typischer Tiefsee-Hexakoral. Corallium rubrum, eine selbst in geringer Tiefe entlang der Westküste Sardiniens sehr häufige Art, fehlt. Die Besonderheit des Meeresschutzgebietes von Tavolara besteht darin, dass es in den ersten 25 Metern Tiefe eine Vielfalt von Reliefs und Populationen bietet, die so breit ist, dass sie eine Synthese dessen darstellt, was das Mittelmeer zu bieten hat. Das Wachstum des Tourismus und die mäßige Zunahme der Sedimentation aufgrund des daraus resultierenden langsamen Rückgangs der Posidonia-Wiese sind zu beobachten, aber nicht als Zeichen der Verschlechterung wahrzunehmen. In diesem Sinne garantiert die Schaffung eines Meeresschutzgebietes sicherlich einen ersten Schritt in der Verwaltung der natürlichen Ressourcen dieses unglaublichen Reservoirs, von Arten, die heute in anderen Teilen des Mittelmeers selten sind.

Der Meeresboden des Südhangs charakterisiert sich durch die vielen Klippen, die an einigen Stellen senkrecht bis zu einer Tiefe von 22 m abfallen. Am Fuße des Absturzes wechseln sich große, von Seeigeln bewohnte Gerölllawinen mit von Posidonia oceanica kolonisierten Gebieten ab. Kleine Karstkanäle öffnen sich an verschiedenen Stellen und bilden Höhlen, in denen die großen Meereszikaden (Scyllarides latus) brüten.
Der Meeresboden am Nordhang ist durch Erdrutsche gekennzeichnet. Es handelt sich um ein relativ flaches Gebiet, das auf einer mit Posidonia-Wiesen bedeckten Sedimentebene endet. An der Punta del Papa, in einer Tiefe von 42 Metern, befinden sich drei Korallensäulen, von denen die höchste eine Tiefe von 15 Metern erreicht. Dieser Gipfel ist ständig von Bänken von Kastagnolen umgeben, die sich öffnen und reformieren, um den häufigen Angriffen von Amberjacks zu entgehen. Vom Kamm des Schwarmes, der nach Nordwesten hinabsteigt, zwischen den Ufern der roten Amberjacks, öffnen sich die großen Fächer der prächtigen Gorgonien. Das Licht der Fackeln bringt das leuchtende Rot dieser majestätischen Kolonien zum Vorschein; prachtvolle gelbe Exemplare fallen auf. Folgt man den beiden anderen, etwas tiefer gelegenen, ebenfalls von Gorgonien abgedeckten, erreicht man ein großes Korallengebiet. Es ist nicht ungewöhnlich, Zackenbarsche und Schulen von Dentis auf dem Meeresboden zu sehen.

Die Unterwasserlandschaft um diese beiden Inseln unterscheidet sich deutlich von der von Tavolara. Die Granite reproduzieren unter Wasser die Landschaften des darüber liegenden Landes. Große Panettoni aus zerklüftetem, ausgehöhltem und tafonireichen Gestein (Erosionshohlräume) charakterisieren den Meeresboden zwischen Molara und Tavolara. Der Fico-Schwarm ist ein typisches Beispiel für diese Art von felsiger Umgebung. Der mit einem feinen Algenfilz bedeckte Granit beherbergt mehrere Kolonien von Hydrozoen (enge Verwandte von Korallen und Quallen), die wiederum von farbigen Nacktschnecken (schalenlose Schneckenmuscheln, die sich durch leuchtende Farben auszeichnen) besiedelt sind. Corvinas und Zackenbarsche sind in Rissen und Schluchten weit verbreitet. Komplexere korallenartige Konstruktionen beherbergen Zackenbarsche, Sardellen und Hummer.
Von Molara bis Molarotto werden die abgerundeten Formen durch eine Unterwasserlandschaft ersetzt, in der sich große Flächen mit Posidonia, in denen Pinna nobilis zu finden ist, abwechseln.